На всякий пожарный лучше распаковывай аддоны в отдельную папку и переноси в ЗС только папки с миссиями, заставками и шкурами. Этого достаточно для корректной работы дополнительных компаний и миссий. Просто некоторые диски (пиратские например) могут попытаться пропатчить игру до устаревшей версии.
Известные мне ссылки:
http://il2sturmovik.narod.ru/
http://games.1c.ru/il2_roads_of_war/
http://games.1c.ru/il2_second_front/
http://games.1c.ru/barbarossa/
Из этих точно может попытаться пропатчить Второй фронт.
:: Ещё проще. Перед установкой аддона, который не является по совместительству следующим патчем, копируй свою версию ЗС в сторонку. Потом ставиш аддон и на него заливаешь скопированную последнюю версию игры. В результате добавятся только нужные файлы, а устаревшие будут перезалиты самыми свежими версиями.