Я предпочитаю лодки IX серии: большой запас хода, 6 ТА, большой запас торпед, много оборудования, сильное артеллерийское вооружение (на ранних версиях).
Правда есть и минусы: низкая скорость, как подводного, так и надводного хода, плохая маневреность, также лодку несложно обнаруживать надводным противолодочным кораблям