Можно ставить в таком порядке, как написали. Не знаю только насчет модов Rafael-а.

Воду можете эту посмотреть, правда как там с прозрачностью уже не помню.
Цитата Сообщение от Krabb Посмотреть сообщение
RealAtlantic.7z – атмосфера из WAC 4.1. В оригинал добавлен RealWeatherFix и заменён подводный цвет воды на нечто похожее на GWX.
RealAtlantic 16km.7z – 16 км атмосфера из WAC, см. выше.
Или CLAssemblage2(GraphicPack) для Silent Hunter III.

Если сами собираетесь править, то цвета смотрите в Env\EnvColors_*.dat, прозрачность (расстояние с которого "туман" начинается) в scene.dat - EnvData/Underwater/Fog/ZMin и ZMax.