У меня было такое с дивиксом, думал проблема в видео, ан нет
оказывается, что нужно было снести его перегрузиться, установить лучше новейший кодек, потом опять перегрузиться
и все должно быть в норме.
Но лучше сохраняй без компресии те части которые захочешь потом объединить, а уж потом сжимай хоть до потери пульса