В принципе, для 32итного цвета можно сделать совсем (?) без потерь производительности, если при загрузке кокпита пропатчить альфаканал самих текстур стоек. #Но опять требуется указать- каких именно.
Про 16 битный цвет- не знаю. #Если есть форматы 16битных текстур с альфа-каналом большим 1 бита, то тоже должно прокатить.
Дык сделать стойки отдельным обьектом и обозвать специально. В 3DMax если память не изменяет такое можно а при загрузке искать скажем обекты c именем начинающимся на "cтойка" и уже либо менять геометрию либо прозрачность при чем необязательно текстурами а можно средствами того же движка.