Валь, ну я уже предлагал:
- Заменить на оригинальный, из дистрибутива, ubb_search.cgi
- Указать в настройках один форум / один индекс (а не все форумы в одном)
- Переиндексировать все форумы.
Должно помочь с 99%-й вероятностью