Исправлена ошибка в программе. Будет в версии 1.0.0.3. Сами карты нормальные, обновлять не нужно.
Года 2-3 назад сталкивался с подобной проблемой, но к сожалению не помню как решал. Это очень экзотический глюк программы (очень редко возникает). Как только вспомню - исправлю. Но в текущей версии MapTools иконки - рудимент, мне самому удобнее использовать "боевую обстановку", там и функциональности больше.