IMHO, эти вспомогательные крейсера японцы использовали не для "пиратствования", а как раз наоборот - они несли дозорную службу.
Патрулируя вокруг Японии, вспомогательные суда вели наблюдение и должны были сообщать о всех подозрительных судах, которые могли угрожать транспортам.
Боевые корабли для этой цели слишком дорогое удовольствие, да и обитаемость у японцев всегда приносилась в жертву другим качествам.
А все эти "Мару" - идеальные сторожевые корабли: дешевые, обитаемые, могут долго держаться в море и потерять не жалко.