После войны в апреле 1946, после того как сын И.В.Сталина Василий пожаловался отцу, что американские самолеты лучше советских, вместе с министром авиационной промышленности СССР А.И.Шахуриным арестован. В мае 1946 на процессе вместе с Шахуриным, членом Военного совета ВВС Н.С.Шимановым, зам. командующего ВВС А.К.Репиным, начальником Главного управления заказов ВВС Н.П.Селезневым, зав.отделами управления кадров ЦКА .В.Будниковым и Г.М.Григорьяном приговорен к тюремному заключению. После смерти Сталина, в мае 1953 амнистирован и восстановлен в ВВС. В 1953-55 командующий Дальней авиацией и одновременно в 1954-55 заместитель главнокомандующего ВВС. С 1956 начальник Высшего авиационного училища Гражданского флота. Его перу принадлежат мемуары "В небе Ленинграда" (1970), учебные пособия и работы по истории советской авиации. В 1958 году А.А.Новикову присвоено звание профессор.
Скончался 3 декабря 1976 году.