Если там остались ошметки от фат, то интересно как же тогда нтфс сама ставится не обращая на это внимание
Возможно тебе (или тем, на кого ты ссылаешься) попалась НТФС, полученная с помощью convert из ФАТ32, вот тогда, наверное, там и могли остаться какие-то куски ФАТа. Потому и крайне не рекомендуют делать такие "конверты".