NTFS - это не "не хорошо", а лучшее из того, что имеется на данный момент.
Кроме того - для того что бы запустить и отконфигурировать gpedit.msc вовсе нет никакой необходимости в домене. Локально - все что угодно. Но это неск-ко сложнее чем ограничивать доступ на уровне файловой системы.