Да не, все нормально
На master HDD первый диск(то бишь С) всегда системный и винда всегда ставится на него. Ну не может она быть на вторых ролях  
Надо тебе тот старый винт сделать слэйв, там на заднице у него должны быть такие переключатели - jumpers, а сверху на корпусе схемка, как они должны быть расположены. В твоем случае я так подозреваю - в положении master slave( так пишется вроде..)
В биосе есть такие полезные штуки, как autodetection hard drive - определяет что там у тебя подключено, и boot... забыл :confused: блин, в общем порядок обращения к устройствам при загрузке. Так вот тебе имхо дефолтное лучше сделать (в основном меню load BIOS defauts). А ежели хоца чтоб побыстрей загружалось, надо выбрать вариант без обращения к флоппи(А).
Мой вариант:
  • ставлю один винт master(на котором будет система), другой слэйв
  • в биосе 'произвожу' autodetection
  • загрузившись с дискеты, устанавливаю винду с CD
  • устанавливаю mb/video/audio/joystick/"Flanker"
  • играю

Ничего лучше/проще в голову не приходит.
У каждой строки под.окно в котором можно выставлять либо дискету, либо сидюк либо, и вот тут непонятно:
HDD 0
HDD 1
HDD 2
HDD 3
и так во всех трех строках основного меню (синего)
У меня сейчас:
First boot Device:HDD 0
Second...............:SDROM
а дальше то чего? Я когда менял HDD 0 на сидюк, чтоб комп с сидюка грузился, ЗАБЫЛ!!!!!!! как там все стоялООО (не посмотрел), ну и поменял все эти параметры.  
Комп работает, но боюсь, что я там дров наломал.
LOAD BIOS DEFAULTS=>YES=>SAVE & EXIT SETUP=>YES
А цвет меню меняется клавишой F2