Решение элементарное и неоднократно описанное:
conf.ini
[rts]
ProcessAffinityMask=1
Не будет в Иле от второго ядра прироста - либо отсутствие эффекта, либо глюки. Поэтому жестко ставим в конфиге одно ядро - и проблема решена в зародыше.
Альтернативный вариант - сбоит память (задраны непосильные для нее тайминги или просто бракованная).
Других вариантов не вижу.