Это из-за того что игруха невидит более одного джойстика, а ВКБ контроллер всегда стоит первым.
Ил видит только тот джой что первым стоит.
В настройках игры назначь на нужные тебе функции КЛАВИАТУРНЫЕ клавиши или сочетания клавиш, в профиле Сайтека назначь клавиатурные сочетания.
Вот http://www.sukhoi.ru/forum/showthread.php?t=39895 прога для настройки графики, в ней есть раздел по настройке откликов джойстиков.