А сюжет везде меняется. Если и не прямо - то акценты смещаются. Я проходил помимо оригинального с тремя модами, первый был не помню уж какой, потом АМК потом Z.E.N. Больше всего понравился именно Z.E.N., он глубже что ли. Смыслом каким-то наполняет, уводит от тупой стрельбы и голого антуража. АМК тоже хорош, но ЗЕН более философский что ли. Кроме того ЗЕН не меняет основную сюжетную линию, там изначальная установка была на РПГ-шную производную от главной сюжетной линии. По крайней мере именно с этим модом я больше всего именно шастал по Зоне с заныриванием в разные уголки и задумчивым осмыслением что же делать дальше.
А так - на любителя. По мне так вообще модов достойных 2-3, остальные либо поделки, либо клоны либо графические\оружейные\транспортные\погодные и тэдэ надстройки.