Это "лечится" выходом в рабочий стол (по Alt+Tab) и назад в игру. После этого в текущей миссии кнопки работают нормально.

Но у меня, например, если в процессе запуска миссии не нажимать кнопки джоев и клавиши клавиатыры, такой бяки нет - проверено.

Да, включи еще в NV галочку Дополнительные настройки - Прочее - Прямое чтение клавиатуры ("LockOn mode").