Надо именно на 11 и 13 контакты Gameportа вешать?
Не, имхо, вроде разницы особой нет, 3-5 или 9-11, ведь всё равно джой-то ЮСБ, вопрос не в этом. Вопрос в том, как объяснить Виндам, что это перали и РУД, а не Икс и Игрек-оси...
В случае с гей-портовым джоем на две оси + четыре кнопки к 11 и 13 подрубались ещё два резюка, один из которых возводился начальством в должность РУД, а другой - становился педалями. После этого в драйвере джоя просто ставили галку, что этот джой - с РУД и педалями. И всё пахало.
А вот случай ЮСБ-джой на две оси + 4 кнюпки + гей-порт-педали+РУД... Честно - не знаю.  
Но могу предположить, что должоно работать, тока надо будет надыбать в инете драйверок педалей и РУД. НАверняка такой есть.