Zerg! Тупой вопрос: а в il2setup галка "использовать джойстик" тыркнута?
И ещё: Пуск->Настройка->Панель управления->Игровые устройства. Вкладка "Идентификаторы устройств". Там ID джоя должно быть 1.
Если оно так и есть, попробуй перекинуть на 2.
И ещё попробуй драйверами поиграться, разные потыркать...
Что тут ещё посоветуешь...