А ты думаешь кто-то сможет вот так сразу сказать почему такое происходит?
Посмотри логи сервера, командера, посмотри загрузку памяти, процессора в проблемные моменты, проверь свободное место на диске, железо протестируй чем-нибудь тяжёлым, систему переставь, в конце концов.
Может, патчей каких на сервере не хватает, может, винт глючит или память.