Единственный минус NTFS - это то, что загрузившись в ДОС с дискеты ты не увидишь своих данных. Если это можно считать минусом. Иногда это большой плюс (если дело касается безопасности).
В остальном NTFS примерно одинакв с FAT-ами. Ну, разве что на больших дисках все-же NTFS может получше ИМХО.