Внутри находятся нервюры, которые закрывают дырки в сечениях крыла. Они (нервюры) сделаны отдельными объектами, может это они просвечивают?
Да. Но это не страшно. Если, конечно, вершины нервюры совпадают с вершинами крыла в месте "разреза".

2) При внесении любых измений в деталь (ствол, колесо и.т.), она должна быть "перемаплена"?
Если удалялись/добавлялись полигоны - да в большинстве случаев. Если только двигались вершины - то можно подогнать мапинг в УВ-редакторе.

3. Если расшивка сделана черными линиями по белому фону - то да. Если расшивка - черные линии на прозрачном фоне - то не обязательно. Мультиплай здесь исключительно для превращения всего белого в прозрачный.
делаются "нормал", а доводятся прозрачностью
Это как кому удобнее. А если надо изменить (локально) прозрачность определенных деталей слоя - лучше пользоваться маской. Меню Слой - добавть маску - все прозрачное. Потом черным цветом "аэрографом" или "кистью" с прозрачностью 3-5% "закрашивать" нужные места на маске - они на соотв. слое будут становиться полу-прозрачными. Если не понравиться - можно в том же месте "помазать" белым - с обратным результатом. А если совсем не понравиться - удаляем маску - и все возвращается как было в начале.

4. Как кому удобнее. У меня так (сверху вниз): 1. Сетка; 2. Тени+засветки; 3. Грязь; 4. Расшивка; 5. Царапины; 6. Пятна камуфляжа; 7. Основной цвет.

Куда скин из ЦФС2 слать?