Первоначальной целью 1 флотилии были шлюзы Панамского канала. Шесть самолетов должны были нести торпеды, а остальные четыре бомбы. На атаку каждой цели выделялись два самолета. Флотилия должна была отправиться по тому же маршруту, что и эскадра Нагумо во время атаки на Перл-Харбор тремя с половиной годами ранее. Но вскоре стало ясно, что даже в случае успеха такой налет был абсолютно бессмыслен, чтобы повлиять на стратегическую ситуацию в войне. В результате 25 июня последовал приказ направить 1-ю подводную флотилию для атаки американских авианосцев на атолле Улити. 6 августа I-400 и I-401 покинули Оминато, но вскоре на флагмане из-за короткого замыкания вспыхнул пожар. Это заставило отодвинуть начало операции до 17 августа, за два дня до которого Япония капитулировала. Но даже после этого штаб-квартира японского флота планировала провести атаку 25 августа. Однако 16 августа флотилия получила приказ вернуться в Японию, а через четыре дня уничтожить все наступательное вооружение. На I-401 самолеты катапультировали без запуска двигателей и без экипажей, а на I-400 их просто столкнули в воду. Так закончилась история наиболее необычной схемы применения морской авиации во время второй мировой войны, прервавшая историю подводного самолета по нынешнее время.