Ей пофигу с какого диска работать. Так понимаю, что и ИЛ и прога были установлены заново? Проверяй все настройки, не забудь очистить в ИЛе кнопки или оси управления триммерами.

ЗЫ. Жалко что раработчик забросил прогу... у меня тоже косяки вылезают, не знаю как с ними бороться. Например при новом вылете может слететь (нечасто) управление триммерами. Помогает Выгрузка и повторная загрузка "автотрима".
До апгрейда компа прога работала железно. Ни одного глюка. И писалась она пару лет назад. Может глюки как-то связаны с новым железом и особенностями драйверов для него?