Булевы операции лучше не юзать, ИМХО... Лучше катом по сплайну или примитиву пройтись.
А глюки оттого, что куча вершин болтаются без ребер )) возьми тот же кат и просто соедини соседние вершины (или проще выделяешь нужные две вершины и жмешь С - коннект)
Вот как-то так (см. аттач)