Было. Копать в сторону:
1. Ревизии и степени кривизны (бетанутости) движка MS XML. При необходимости (наличии именно бета-версии) обновиться на нормальную (откатиться на более старую, но не ниже 4.0)
2. Кривизны (прямизны) драйверов... жесткого диска. JMicron 363 в режиме RAID или AHCI + Windows XP + версия дров, идущая в комплекте с мамкой = дикие глюки по кэшированию записи. По крайней мере у меня так было. Смог вылечить только полным отключением этого самого JMicron (дрова с сайта не помогли) и установкой в PCI-E нормального SATA-контроллера в целях RAID. Под Вистой не знаю - ибо к моменту ее установки JMicron уже был выключен.