Была аналогичная ситуация, при одновременном подключении руля и X-52 Ил переставал видеть ось РУД, остальные оси определялись как оси джойстика с ID2. После отключения руля и запуске Ила РУД определялся нормально. Удалил в conf.ini, раздел [rts_joystick] пару непонятных строчек, выглядели как 1=0 100 100... , т.е. без названия оси. Все заработало.