Насколько я понимаю, пропускная способность PCIe 2.0 существенно выше. Если не ошибаюсь, раза в два. По крайней мере встречал утверждения, что по пропускной способности PCIe 2.0 (8х) равна PCIe 1.0 (16х). Также, ЕМНИП, утверждалось, что PCIe 2.0 в будушем позволит при работе в режимах SLI и Crossfire обходиться без соединительных перемычек.