Если речь идет о стратегических целях, типа больших городов, то уже в начале войны немцы бомбили английские города наводясь по радиолучу. Правда не очень успешно.
Другой способ использовался англичанами и американцами позднее, которые использовали специально обученные экипажи, которые находили цель и подсвечивали ее специальными боеприпасами. У Гибсона ночные бомбардировки эффектно описаны. На инструтаже им доводилось слышать что-то типа "летите на красную гроздь, доворачиваете на на 45 градусов, в сторону желтой россыпи и через пять минут сбрасываете бомбы" (не цитата но смысл такой).

Или вообще никак не бомбили. В августе 45-го года Киото, который был основной целью для атомной бомбардировки, спасло то что он был закрыт облаками.

Относительно пикировщиков облака конечно мешали. Сразу вспоминается как разбилась куча штук во время демонстрации их возможностей перед войной (не помню дату). Суть в том что они начали пикирование в облачность, но слой облаков оказался слишком толстым и им не хватило высоты для выхода из пике. Или например Пирл Харбор. Пикировщикам Футиды пришлось делать второй заход (во время которого его самолет кстати получил повреждения), так как во время первого захода цели были закрыты облаками.