Если сделать в виде DLL и подключить к NewView, то:

1. Можно на входе ждать не просто две кнопки, а сразу текущий режим и управляющие флаги - какие нужно, а в Config.exe уже задать горячие кнопки для активации режимов или их переключения - каждый настроет так, как удобно. В любом случае можно сделать только 2 "кнопки", и просто их передавать в DLL. Но мне кажется более гибко управлять режимами лучше.

2. Библиотека NewView вызывается Илом как раз на каждом кадре рендеринга. Соответсвенно и новую DLL будет вызывать NewView точно так же. Так что синхронизация гарантирована.

К Илу это применимо только в тестовом режиме, из-за того, что собственно Ил не поддерживает 6DOF без модификаций.
А вот в БОБе и Чёрной акуле, или в других симах это вполне можно опробовать.

Кстати, для MSFS что использовалось? Ихний встроенный протокол для внешних модулей? Он обеспечивает синхронные вызовы?