Решилось, уже решил полностью всё переустановить, начиню установку, установка нашла LVM и говорит - можно произвести установку туда, сказал да, обновился загрузчик и система ушла на перезагрузку, после которой загрузилась как обычно, разве что пару ошибок выскочило, но они пока жизни не мешают. Ядро и HAL установились старой версии, обновил - вроде живём