Да, собственно, дела такие:
Их можно модифицировать как угодно (в рамках используемых входных данных, констант и т.п.) нужно только уметь программировать на DirectX ASM, HLSL и т.п.
Нужен спец по 3D, который, посмотрев декомпилированный DirectXASM-код (могу выложить), скажет - можно ли получить прозрачность модификацией имеющихся шейдеров.
Либо это невозможно, т.к., например, изначально не задан или не используется альфа-канал текстуры поверхности воды или что-то ещё.