Asmoday, у тебя все работает? Я не пойму. В том генераторе, что ты даешь как пример, в трех файлах прописаны разные пути :

Generator.xml
<LogFilePath>eventlog.lst</LogFilePath>
<GenPath>D:\dev\Generator\Generator\bin\Debug</GenPath>
<RelPath>dogfight\gen</RelPath>
...

1generate.cmd
cd C:\Generator
copy C:\IL2FBDS\eventlog.lst C:\Generator\eventlog.lst
...

generate.cmd
cd D:\server\Generator
copy D:\server\IL2FBDS2\eventlog.lst D:\server\Generator\eventlog.lst
xcopy D:\server\IL2FBDS2\Missions\Net\dogfight\gen\*.jpg C:\WWW\gen /Y
xcopy D:\server\IL2FBDS2\Missions\Net\dogfight\gen\*.htm C:\WWW\gen /Y

Напиши, где находится твой генератор и где сервер? И как это должно выглядеть в этих файлах?