Так. По пунктам.
у меня на джое чисто случайно оси Х и У местами поменяны О_о
Не понял - это как? Т.е. влево-вправо - это РВ, а вперёд-назад - элероны?!!!!

в Ил2 это не ощущается, там всё просто и то тангаж -Х(т.е. инвертен как я монял)
В каком смысле не ощущается? Так и летаешь с повёрнутой на 90° ручкой?!

Чего-то я совсем ничего не понимаю. Честно.

В принципе люди, которые летали и в Ил2 и в Кондоре, и кое-чего шурупят в джоях вот тут бывают: www.condorsoaring.ru , форум.