В общем случае, чем меньше размер кластера, тем эффективнее используется дисковое пространство. На NTFS этот эффект выражен меньше чем на FAT, но всё равно присутствует. Однако количество кластеров на раздел ограничено (числа не помню). При современных объемах HDD может статься, что и выбора не будет - не менее дефолтного значения в 4096 байт.