Бороться так:
В Ил-2 создаётся второй профиль, в котором джойстик забиндить при подключенном Wii.
Чтобы не мучаться, можно сделать вот так:
После создания второго профиля, копируем файл старого профиля
"...\IL-2 Sturmovik 1946\Users\0\settings.ini"
поверх нового
"...\IL-2 Sturmovik 1946\Users\1\settings.ini"
Потом открываем его текстовым редактором и меняем строки
"JoystickDevice0"
на
"JoystickDevice1"
Если в системе уже есть другие джои, то вместо 0 может быть уже 1 или 2. Увеличиваем эту цифру на единицу.
Реперь если Wii подключен, выбираете один профиль, если нет - другой.
Если летать предполагается всегда с Wii, то просто в профиле меняете, как указано выше - без создания нового профиля.