Народ!
Начнем с того что
Ил2 использует java машину. Она вроде как стандартная, но! с каждым новым релизом добавляют убавляют глюки, и убавляют прибавляют быстродействие. По идее, мы можем ставить java машину свою, хоть IBM хоть kaffe хоть jdk от Sun - и все должно работать. На самом деле, я думаю не все так просто. Здесь в Ил2 код java слинкован по jni с CPP кодом. Поэтому могут быть какие то несостыковки - несоответствия.
Я думаю, что в пределах одной подверсии все будет работать, а между версиями - факт, уже не работает 1.3 - 1.4.
Что касается замеров, то еще неизвестно у кого как будет работать быстрее. С каждым релизом в подверсии в основном правились баги, а не меналась скорость.

Что касается msvcrt.dll - то относитесь к ней как к новому детонатору. К тому же в этой dll в основном функции для работы с файлами, строками. По идее заменив эту библиотеку кодом, который поддерживает sse или еще что то можно попытаться получить прирост, но только il2 со строками мало работает, поэтому и от замены этой dll мало что измениться.

А вот что надо менять, так это код распаковки из .sfs в память, по мне так вообще все .sfs распаковать и на диск в plain виде кинуть - тогда зависания как класс исчезнут. Если нужны подробности - могу рассказать

P.S. Sorry за возможно мутные обьяснения, на работе пишу а здесь дел навалилось масса