Чтобы объекты появились в миссии, нужно для каждого из них нажать кнопку Create Linked Entity на левой панели.
Для того, чтобы поставить вейпоинт нужно выбрать на правой панели trigger: waypoint, либо выделить объект, которому нужно проложить маршрут (объект должен быть выделен рамкой и иметь сущность) и, зажав shift, ткнуть в карту.
Затем выбрать в св-вах вейпоинта Select Object Menu -> Add Object и указать на объект.