Да не, тут вопрос простой: если файловые системы одинаковые - всё хорошо. Если разные - когда как
Но лучше - по разным дискам раскидать. По крайней мере, я так всегда делал и на одном - не пробовал, ибо подразумевается, что так никто не делает.