Перехват высокоскоростных и высотных целей очень тяжелая задача. Если такую цель не обнаружить вовремя, то можно даже не мучаться с перехватом.
Вот здесь http://www.geocities.com/siafdu/foxbat.html пишут, что по словам Виктора Беленко (летчика угнавшего в 1976 г. МиГ-25 в Японию) перехват цели типа SR-71 на МиГ-25 невозможен, т.к. для перехвата такой цели существует очень узкая зона возможных пусков в которую аппаратура стоящая на МиГ-25 вывести перехватчик неспособна.
Скорее всего у МиГ-31 с этим получше, но и для него такая цель - крепкий орешек.
Несколько фраз из этой статьи:
"МиГ-25/31 никогда не стреляли по SR-71."
"Пилоты SR-71 не воспринимают МиГи как реальную угрозу".
"МиГ-25 может держать М2,8 очень короткое время до перегрева двигателя".
"МиГ-25 может лететь на высоте 78 740 футов только около двух минут".
"SR-71 может лететь на М3,2 на высоте 80000-85000 футов продолжительное время".

Ну и все в таком духе.