По выбору АМД vs Intel не подскажу. Тут каждый для себя решает сам.
Покритикую общий конструктив:
1. Советую взять хороший вентилятор на процессор. Ибо штатный, что у Интел, что у АМД жужжит и воет страшно. Особенно если процессор под нагрузкой. ZM CNPS9700NT конечно не образец соотношения (тишина+производительность)/цена но дает представление что имеет смысл брать.
2. Крайне не советую брать L-версию платы Gigabyte EP43. Лучше взять просто S3, а то и DS3/DS3r - как показывает практика встроенный JMB363 лучше всего работает, когда просто отключен в BIOS - т.е. выключен и не мешает трудиться южному мосту.
3. Не советую подключать к системе на Интел устройства IDE - через штатный контроллер см. выше (JMB363 отвечает ещё и за IDE). Переходники добавляют глюков.
4. Если нужна плата именно со встроенным видео - лучше nVidia тут ничего никто предложить не сможет. Особенно если важен пункт "симуляторы".
5. Насчет корпуса - если планируется брать новый - то лучше по отдельности корпус и БП. Так и нужную мощность БП подобрать проще и соотношение потребный размер/цена корпуса тоже можно выбрать интереснее. И понравившийся корпус из-за (вдруг) плохого БП возвращать не придется.