Стоп!... Приношу извинения, не сообразил сразу - контроллер должен быть сконфигурирован на работу с внешним тактом, поэтому, всё правильно. Он перестаёт отзываться именно потому, что правильно прошит.
Для его перепрошивки теперь нужно подавать внешний такт. У меня для этого к поньке приспособлен генератор на одном корпусе логики. Но если в целевом устройстве выведен ISP интерфейс, можно шить прямо в нём. т.к. внешний такт всё равно там присутствует для работы.