Проблема с оружием в ящиках не зависит от того АИ или нет. Это в финальной версии что то накрутили. Как вариант, откатиться к версии Т11.
В той версии без АИ не было таких диких атак на базу и транзитных проездов патрульной бронетехники. Диверсантов подбрасывали, но они себя вели довольно тихо, и особых проблем с обороной базы малыми силами не было.