Стоит проверить систему на:
* фрагментированность рабочего(их) диска(ов) (Какова активность дисков в процессе загрузки? Низкая, высокая, средняя?)
* загруженность оперативной памяти и процессора перед запуском игры
* уменьшить/отключить swap файл
* провести профилактическую чистку компа утилитой CureIt! (Dr.Web - бесплатно)

Возможно стоит попробовать снизить графические настройки и сравнить время запуска одной и той же миссии.
Тормозит одинаково на миссиях любой сложности (с любым количеством объектов)?