Разгон может быть виновником, ибо: а) на х64 он стабильно ниже на 100-200 мгц, чем на х86; б) задействуется большее количество исполнительный блоков прецессора, соответственно, выше нагрев на пару градусов, советую помониторить темп. режим.
P.S. Badaboom, кстати, .mkv на входе поддерживает, настройки, правда, разнообразием не отличаются и звук только на 2 канала. Но шустрый