Прога установлена в Program Files? Тогда она ведет себя вполне адекватно - при включенной UAC прога стартует с пониженными привилегиями, даже если пользователь включен в группу администраторов.
Проще всего запускать от имени администратора из контекстного меню. Или явно задать пользователю полный доступ к папке и всем её дочерним элементам.