Как будут дрожать оси - зависит от многих факторов, здесь только практикой узнаете. Холлы в данной ситуации предпочтительней - выходное сопротивление пониже.
Феррит на проводах здесь ничем не поможет - основной помехой будут сетевые наводки.
Больший эффект может дать заземление - три провода к резюку по схеме, экран - только в одной точке к земле контроллера.