Ju.88a-8 - выпускался в небольшом количестве параллельно с A-4 и отличался установкой на передних кромках крыла резаков аэростатов заграждения (так называемых "куто-назе"), сокращенным до трех человек экипажем и установкой двигателей Jumo-211F-1. Эта модификация была выпущена в 1941г. в сравнительно небольшом количестве.
Ju.88a-11 - доработанный в частях технического обслуживания тропический вариант получил обозначение Ju.88a-4/Trop. а его серийные варианты, доработанные на сборочной, линии назывались Ju.88a-11.
Ju.88a-12 - небольшое число переоборудованных под двойное управление A-4, с которых снималась нижняя гондола, воздушные тормоза и все вооружение.
Ju.88a-13 - небольшое число A-4, переоборудованных на роль штурмовиков. Воздушные тормоза и бомбоприцел были сняты, экипаж получил дополнительную бронезащиту, вооружение состояло из 250*2кг мелких осколочных бомб и 16 пулеметов МG-17, установленных в контейнере на держателях ЕТС под крылом.
Ju.88a-14 - получил резаки "куто-назе", дополнительное бронирование экипажа, несколько A-14 получили в нижнюю гондолу пушку МGFF при снятии бомбоприцела. Эта пушка использовалась в основном для атаки судов. Ее получили и несколько Ju.88a-4, причем иногда пушка устанавливалась в правой части лобового остекления кабины.
Ju.88a-15 - планер A-4, оборудованный увеличенным бомбоотсеком, вмещавшим до 3000кг бомб. Hижняя гондола снималась, экипаж сокращался до трех человек, оборонительное вооружение состояло только из двух МG-15.
Ju.88a-16 - вариант A-14 с двойным управлением без нижней гондолы и оборонительного вооружения.
Ju.88a-17 - небольшая серия торпедоносцев. Они в основном поступали в КG.28. Под корневой частого крыла монтировался держатель РVС, что позволяло поднять две 765кг торпеды LTF-5b. В длинном обтекателе справа под фюзеляжем располагался механизм подготовки торпеды к сбросу. Экипаж обычно сокращался до трех человек. Hижняя гондола на некоторых самолетах снималась.