Очень похоже именно на проблему с USB. У меня такое было с мазербордом ASUS CUSL-2C. Вылечил установкой внешнего контроллера.
Если есть возожость, попробуй жойстик на другом кобьютере, с другой материнкой. Если симптомы исчезнут, значит точно дело в твоем железе. Точнее, в совершенно непонятной мне конфликтологии Х45 с USB интерфейсом некоторых материнок.