Настройки основного пользователя по умолчанию хранятся в x:\Documents and Settings (Users для 7 и Висты)\Username\MyDocuments\ArmA 2
Всех остальных - в ..\MyDocuments\ArmA 2 Other Profiles

Не по умолчанию - там, где прописал.

ЕМНИП - дефолтно при деинсталляции настройки не удаляются. Нужно выносить вручную если необходимо.