В NTFS есть смысл, и одна из первейших причин необходимости в нем - эNTя _должна_ стоять на NTFS. Т.е. она может стоять и на фате, но это некрасивый вариант: надежность такой системы сразу -> 0.

А вот конвертировать файловую систему из фата в нтфс с установленной виндой крайне нежелательно. Самый простой способ - отформатировать первый раздел винта, можно и в фат, а затем при установке винды воспользоваться её предложением "форматировать раздел в NTFS".